In una recente intervista Feargus Urquhart, CEO di Obsidian, ha dichiarato che vorrebbe realizzare insieme al suo team il sequel del loro action RPG con lo spionaggio come tema di fondo. Secondo Urquhart un eventuale Alpha Protocol 2 verrebbe realizzato migliorandone il comparto del gameplay, visto che la storia ed i personaggi sono i punti di forza del gioco e che comunque il franchise non è da abbandonare viste le sue potenzialità. Al momento Sega non è intenzionata al sequel ma i ragazzi di Obsidian dicono di desiderarlo “molto”.
