Assassin's Creed II nacque con un obiettivo narrativo assai più ampio rispetto al gioco pubblicato. Jean Guesdon, veterano della serie e responsabile dei contenuti del franchise, ha spiegato che il piano di Ubisoft seguiva Ezio Auditore dalla nascita fino alla sua affermazione come mentore dell'Ordine degli Assassini. L'intero percorso avrebbe dovuto trovare spazio in un'unica avventura.
La portata di quell'arco narrativo si scontrò però con i tempi di produzione. Guesdon ha raccontato che il progetto era troppo ambizioso per essere realizzato adeguatamente in un gioco sviluppato nell'arco di due anni. Le idee fissate durante la progettazione non furono accantonate: divennero invece la base per proseguire la vicenda del personaggio nei due episodi successivi.
Il passaggio decisivo previsto dal concept iniziale era la trasformazione di Ezio nel mentore degli Assassini. Nella versione effettivamente realizzata della saga, quel momento arriva vicino alla conclusione di Assassin's Creed Brotherhood, poco prima dei capitoli finali. La divisione consentì quindi al team di non comprimere in un solo titolo anche la fase più matura del protagonista.
Il viaggio trovò poi la sua conclusione in Assassin's Creed Revelations, pubblicato un anno dopo Brotherhood. I tre giochi composero così la trilogia di Ezio e accompagnarono il franchise verso la stagione delle uscite annuali, proseguita per anni. In quel ritmo produttivo, persino i due anni concessi al secondo capitolo finirono per sembrare una finestra relativamente ampia.
Ubisoft aveva già iniziato a distribuire il lavoro tra più studi per accelerare la pubblicazione dei nuovi episodi. Paul Fu, altro veterano della serie e già direttore creativo di Assassin's Creed Black Flag Resynced, ha spiegato che i giochi non venivano creati uno dopo l'altro: la produzione procedeva a cascata, permettendo ai gruppi di lavorare in tandem. Questo sviluppo in parallelo rese sostenibile una cadenza più serrata.
Lo stesso modello avrebbe poi permesso a Ubisoft di costruire opere dalla scala ben diversa, come Assassin's Creed Valhalla e Assassin's Creed Shadows. Entrambi hanno dimensioni molto più ampie rispetto alla somma del secondo capitolo e di Brotherhood. La trilogia dedicata a Ezio prese dunque forma dalle idee di un progetto unico, rimodellate attorno ai limiti concreti di tempo e produzione.