Square Enix ha svelato che Final Fantasy Explorers sarà uno dei pochi titoli per Nintendo 3DS a non utilizzare il 3D. La compagnia ha inoltre rivelato alcuni nuovi dettagli relativi ai controlli della versione New 3DS del gioco: la camera potrà essere controllata in modo semplice e intuitivo tramite il c-stick, il pulsante ZL verrà utilizzato per il lock dei mostri mentre quello ZR servirà per il lock dei mostri evocati. La versione 3DS del gioco sarà compatibile con Circle Pad Pro.