Secondo quanto confermato da Atlus, una delle funzionalità incluse in Persona 2: Eternal Punishment permetterà ai giocatori di importare i dati di salvataggio di Persona 2: Innocent Sin nel gioco: secondo il publisher, non si dovrà obbligatoriamente completare la storia al fine di sfruttare la nuova funzionalità, ma quello che servirà saranno solo le statistiche dei personaggi e dati di livello. Potranno inoltre essere trasferiti le fusion skill list, i comandi dei mostri e i tarocchi ed è stato suggerito che il trasferimento di alcuni dei dati di salvataggio potrebbero modificare alcuni degli scenari di gioco.
