Metal Gear Survive riprende dal finale di
Metal Gear Solid V: Ground Zeroes verso una timeline alternativa causata da wormhole non spiegati che si formano nel cielo. I giocatori si ritroveranno in scenari desertici distorti, ricchi di strutture mezzo formate, minacce biologiche viventi e dei resti di quella che un tempo era una potente forza militare.