Al costo aggiuntivo di circa due euro le tre versioni di
Mega Man 9 pubblicate su Wii, PS3 e X360 vedranno l'arrivo di Protoman (o Blues). Questo personaggio giocabile, già visto in altri episodi della serie, avrà alcune caratteristiche, legate prevalentemente alla tipologia di colpi e salti, differenti rispetto al Blue Bomber.